普通單細胞轉(zhuǎn)錄組
技術(shù)簡介
單細胞轉(zhuǎn)錄組測序（Single cell RNA sequencing）基于Illumina測序平臺，通過研究某個物種在特定狀態(tài)或者特定時期下單個細胞的mRNA，針對實際樣品信息采用靈活的差異分析策略可以找到生物體不同狀態(tài)單個細胞差異表達的mRNA，再通過軟件進行功能注釋，最終可以得到單細胞在生物體中參與生命活動的清晰生物信息圖譜。
技術(shù)路線
送樣建議
1、新鮮組織分離單細胞，并保證細胞活性和形態(tài)完整，不要損傷細胞。
2、分離的單細胞放入公司提供的裂解液中，每管裂解液用量為4ul，放入細胞時帶入緩沖液體積不要超過1ul。
3、細胞數(shù)量：1-1000個細胞，重復(fù)單細胞樣本個數(shù)不少于5個。
4、加入裂解液的單細胞盡快-80℃保存，避免反復(fù)凍融。
測序策略 | 數(shù)據(jù)量 | 周期 | |
Illunima | PE 150 | 6-12Gb | 50 個自然日 |
案例分析
單細胞RNA-seq分析揭示了擬南芥雌配子體倍性依賴和細胞特異性轉(zhuǎn)錄組的變化[1]
研究背景
多倍體通常會導(dǎo)致細胞或生物體大小的增加，影響轉(zhuǎn)錄物的豐度或轉(zhuǎn)錄組的大小，但多倍體與轉(zhuǎn)錄組變化之間的關(guān)系仍不清楚。且植物細胞經(jīng)常進行內(nèi)復(fù)制，混淆多倍體效應(yīng)。
研究目的
選擇發(fā)育穩(wěn)定且無內(nèi)復(fù)制的雌配子細胞，利用擬南芥四倍體系和等基因二倍體的單細胞RNA測序（scRNA-seq），研究多倍體對基因表達變化絕對水平的影響。
圖1. scRNA-seq分析揭示雌配子的基因表達模式
研究結(jié)果
與二倍體相比，四倍體植物中單個細胞（中央細胞、助細胞和卵細胞）的轉(zhuǎn)錄組豐度加倍，且與它們的細胞大小變化一致，而變化的程度與細胞大小的關(guān)系取決于細胞類型。這些scRNA序列資源沒有交叉污染，對促進植物雜交、生殖生物學(xué)和多倍體基因組學(xué)具有獨特的價值。
參考文獻
[1]. Qingxin Song, Atsumi Ando, Ning Jiang, et al. Single-cell RNA-seq analysis reveals ploidy-dependent and cell-specific transcriptome changes in Arabidopsis female gametophytes[J]. Genome Biology, 2020, 21:178.
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